工会是党领导下的工人阶级的群众组织，是党联系职工群众的桥梁和纽带，做好工会工作是党组织义不容辞的职责。同时，工会是教职工之家，是广大教职工发展的舞台。在党支部的领导下，工程训练中心各届工会始终坚持以人为本、教学为先的宗旨，谋职工所求，想单位所想，充分发挥工会在“组织教职工、引导教职工、服务教职工、维护教职工权益”方面的作用，积极、认真开展各项群众活动，受到教职工的欢迎。

工程训练中心成立之初，工会小组隶属于校机关工会，2015年10月，工程训练中心与其他常驻沙河校区单位成立沙河校区联合工会，共同组织开展活动。

2019年1月8日，北京航空航天大学工程训练中心直属工会成立，韩永鹏任工会主席，史成坤任工会副主席，王秋红任女工委员，刘雅静任组织委员，李烨任宣传委员，孙英蛟任文体委员兼青工委员，闫立军任福利委员。

2019年6月，工程训练中心直属工会划入北航学院工会，成立工程训练中心工会小组。作为北航学院工会中人数最多的工会小组，积极承办各类文娱活动，2021年先后承办北航学院“红色之旅，书海扬帆”读书沙龙系列活动、“第一届冬季长跑节”拓展活动等，仅2021全年组织动员工会小组成员参与各项文娱活动400余人次，获得工会小组成员的一致好评。